一、项目前期

PPP项目前期为项目建设期之前，该期间一般会产生勘查设计费、可行性研究费、政府方已支付拆迁费等。

该部分费用发生在社会资本方中标之前，一般情况下为实施机构或政府方出资代表（即当地平台公司）代为支付。

二、项目建设期

PPP项目建设期主要是项目建设，所涉及的税务主要为两个主体,即施工单位与项目公司，对于项目公司来说，在项目建设期中会取得建筑服务专用发票及设备采购发票，项目建设期中会累计金额巨大的增值税进项税留抵。

2019年两会期间，总理在政府报告中明确，将制造业等行业原有16%增值税税率降为13%，将交通运输、建筑、房地产等行业原有税率10%税率降为9%，保持6%一档税率不变，于2019年4月1日起执行。

三、项目运营期

PPP项目进入运营期后也可获得进项税，其主要是来源于运营成本，PPP项目运营成本类型多种，其中主要组成为运营维护费（现行按9%计取）及小中大修费（现行按9%计取）。项目公司运营期主要的收入主要为政府付费与使用者付费。

PPP项目在运营期一般还会涉及城市维护建设税、教育费及附加及地方教育及附加，其为消费税与增值税的附加税。

城市维护建设税采用地区差别税率，纳税人根据所在地不同，适用税率的档次也不同，具体如下：

1.纳税人所在地为市区的，按7%计取。

2.纳税人所在地为县城、镇的，按5%计取。

3.纳税人所在地不在市区、县城及镇的，按1%计取。

教育费及附加税统一按3%计取，地方教育及附加按2%计取。

具体项目优惠政策

企业所得税税收优惠政策

针对从事国家重点扶贫的公共基础设施的企业，给予其企业所得税“三免三减半”的优惠，即企业投资经营所得第一年至第三年免征企业所得税，第四至第六年减半征收，国家重点扶持的公共基础设施项目是《公共基础设施项目企业所得税优惠目录》（以下简称为“目录”）中规定的项目，即港口码头、机场、铁路、公路、城市公共交通、电力、水利等项目，如上文中提到的农村供水工程即可享受“三免三减半”的优惠。

企业投资建设属于目录的项目，且该项目分批次建设但采用一次性核准的，如果每批次的项目在空间上独立，每批次项目可单独进行会计核算，且每批次项目具有独立收入能力，那么可以按批次享受“三免三减半”的优惠。

垃圾处理

垃圾处理、污水处理等环保领域的PPP项目，可适用增值税即征即退的优惠政策，其中垃圾处理、污水处理处置劳务、工业废气处理劳务，按70%退税率退税。

饮水工程

在农村饮水领域的PPP项目可享受增值税免征优惠，饮水工程有关的企业若只向农村居民提供生活用水，其获得的销售水的收入可全部免征增值税；若既向农村居民供水又向城镇居民供水，可按照农村居民供水取得的收入占总收入的比例享受优惠条件。

房产税

在房产税和城镇土地使用税相关优惠政策中，企业办学的房产、供热企业为居民供热使用的厂房、饮水工程单位自用的办公和生产的房产均予以免征房产税，其房产、厂房所占用的土地免征城镇土地使用税。对于大型体育馆中用于体育活动的房产、土地均适用于减半征收的优惠政策。

城市交通建设中，公交站和客运站的运营用地免征城镇土地使用税，设计能源（如煤炭、石油等）和交通（如铁路、民航等）类企业的能源、交通用地和其他用地，可免征城镇土地使用税。因此从事以上领域的PPP项目企业可享受相关税收优惠。

土地增值税

对于存量资产转为公租房的PPP项目来说，当旧房转让为公租房房源，且增值额未超过扣除项目金额20%时，可免征土地增值税。